Japans historie falder i forskellige afsnit kendetegnede ved modsætningerne mellem udefra kommende indflydelse og egen indre udvikling.
Urtid (indtil c. 400 e. Kr.)
Japanernes herkomst er hyllet i mørke. Deres forgængere som beboere af øgruppen er ainoerne, med hvem de i tidens Løb er blandede, foruden med koreanere, kinesere og malajer. Sprogligt er japanerne nærmest i slægt med manshuerne, etnologisk har de stærke berøringer med nordasiatiske, tatariske folk. I denne retning peger flere oldtidsskikke: at lade heste og tjenere følge den afdøde herre i graven, den sjintoistiske mytologis obskøne karakter, den gamle folkelige fallosdyrkelse og endelig den såkaldte skapulamantik, ɔ: at tage varsler af hjortens skulderknogle.
Oprindelsesmyten
Urtidens Japanere havde ingen skrift, kendskabet til denne kom fra Kina over Korea, rimeligvis ved en koreaner Wani i året 405 e. K. Først 300 år efter optegnedes de ældste bevarede sprogmindesmærker: Kodjiki (712 e. K.) og Nihongi (720 e. K.), indeholdende myter og sagn i løs sammenhæng, ordnede i det bestemte politiske og genealogiske øjemed at støtte den kejserhuset ydede kultus. Som følge deraf forudsætter forfatterne deres egen tids politiske og kulturelle forhold som eksisterende allerede i urtiden og forvansker derved fuldstændig det virkelige billede af denne. Annalerne lader Japans historie begynde med urkejseren Jimmu-Tenno fra 660 f. Kr., og de første 17 kejsere har gennemsnitlig en levealder af 109 år. Som historiske kilder har annalerne først værdi fra 5. århundrede e. Kr. Indtil denne tid levede japanerne i en primitiv, barbarisk kulturtilstand, hvor krige mellem stammerne, jagt, fiskeri og et primitivt agerbrug var hovedbeskæftigelsen. Som et gammelt, ærværdigt kulturminde fra den grå urtid rækker den ældste, nationale religion ind i nutiden. Sjinto, ɔ: Gudernes Vej, kaldes den med et kinesisk udtryk. Kami er det oldjapanske navn på guderne, eller rettere ånderne. Kami-dyrkelsen, Sjinto, er ingen lære, det er en kultus, en naiv gude- og åndetro med et simpelt ritual omfattende bøn, offer og visse renhedskrav. Det er en dyrkelse af naturkræfterne og som i Kina tillige forfædredyrkelse. Solgudinden Amaterasu, den vigtigste Sjintoguddom, er mikadofamiliens stammoder, solkultus og kejserdyrkelse flyder således sammen. Urtidens Japan var ingen enhedsstat, men en løst sammenhængende slægtsstat. Om slægten, japansk uji, drejer alt sig, hver uji har sin med patriarkalsk magt udstyrede høvding. Op over alle slægter rager høvdingeslægten i Jamato, den senere kejserslægt. Han er sumera no mikoto, »den sammenfattende hersker«; den kinesiske titel tenno, ɔ: himmelkonge, er af langt senere oprindelse. Jamato-høvdingens magt er både religiøs og politisk, han er den højeste guddom, solens stedfortræder og efterkommer. Hans politiske magt og solgudindens dyrkelse vinder hånd i hånd indflydelse i de øvrige høvdingedømmer, så at han bliver primus inter pares, den første blandt høvdingene.
Den historiske kerne i Nihongis fortælling om den ældste kejser Jimmu-Tenno, der siges at regere 660—585 f. Kr., synes at være den, at en høvding fra øen Kiushiu har erobret Jamato, ɔ: Egnen om Osaka og Kyoto, og har derfra vundet overherredømmet over de omliggende provinser Izumo, Setzu osv. Om de følgende 560 år ved Nihongi intet positivt at fortælle ud over selve kejserrækkens navne. Derefter berettes om forskellige kampe mod ainoerne i Østjapan, den vilde folkestamme Kumaso i den sydlige del af Kiushiu og mod koreanerne. Om den japanske erobring af Korea fra 3. århundrede meddeles forskellige sagn i Nihongi; men en sådan erobring er sikkert uhistorisk og genspejler kun overleveringer om forskellige sørøvertog. Kejsernes lange regeringstid viser overleveringens ringe historiske nøjagtighed: den 10. mikado Sujin 97—30 f. Kr., Suinin 29 f.—70 e. Kr., Keiko 71—130 e. Kr., Seimu 131—190 og den 17. Nintoku 313-399. Efter al sandsynlighed må derfor Nihongis tidsregning formindskes med 6—700 år, således at Jimmu-Tenno har levet omkring vor tidsregnings begyndelse.
I overgangen fra forhistorisk til historisk tid optræder Kofunperioden, der er opkaldt efter de tusindvis af karakteristiske nøglehulsformede kofungravhøje fra midten af det 3. århundrede til begyndelsen af det 7. århundrede e.Kr.
Indførelse af kinesisk kultur og buddhisme (ca. 400—1100)
Forbindelse med Kina
Omkring 400 e. Kr. begyndte forbindelsen med Kina og dets kultur. Denne gjorde et overvældende indtryk på japanerne. Japanerne tilegnede sig lærevilligt alt: skrift, mål og vægt, tidsregning, kunst, luksus, teknik, arkitektur, statsvæsen, fast retsordning, kejsermagt og embedsmandsstyre, så at den japanske kultur fuldstændig omformedes og udvikledes i kinesisk ånd. Hos høvdingen i Jamato fandt de kinesiske ideer først indpas, og kendskabet til den højere kultur styrkede hans magt. Han blev kejser, mikado. De japanske annalers indhold bliver nu et andet, i stedet for mytologi fortælles hofhistorie, og fra ca. 500 berettes om kejserhusets kampe med de store høvdingeslægter og stridigheder mellem disse indbyrdes. Under disse kampe indføres buddhismen, navnlig med støtte af den mægtige Soga-familie, der beslægtet med kejserhuset tog formynderskabet for dette. Sjotoku Taisji (d. 621), en prins af kejserhuset, virkede ivrigt for buddhismen ved tempelbygning med mere og forsøgte at indføre kinesisk hofvæsen og ceremoniel. Med kinesisk forbillede søgte kejserne at udvide deres magt over hele Sydjapan, men først efter hårde kampe med Soga-slægten, der endelig nedkæmpedes 645, lykkedes det i løbet af 7. århundrede at føre de nye regeringsprincipper til sejr. Denne ændring i landets styre, Taikwa-reformen 645—708, bestod i at indrette en enhedsstat efter kinesisk mønster. Som himlens repræsentant var kejseren ejer af hele landet og herskede direkte over folket. Høvdingeslægterne og adelen bøjede sig for kejsermagten og trådte i statens tjeneste. Bønderne dyrkede jorden for overklassen.
Med kejserdømmet sejrede buddhismen, og Sjintoguderne optoges i det store pantheon af indiske guder. Kejser Sjomu (724—748) lod støbe den vældige bronzebuddha, der endnu findes i Nara. Siden 709 havde kejserne deres faste regeringssæde her, i det gamle Jamato, og fra 800 indtil omvæltningen 1868 i Kyoto. Indtil Naras anlæggelse fandtes ingen byer i Japan. Den nydannede kejsermagt formåede ikke at hævde sig. Statens sociale underbygning ændredes ikke: hørige bønder under arvelige, ret uafhængige godsherrer eller statholdere. I løbet af 9. århundrede trængtes kejsermagten langsomt tilbage. Kejserne nedlagde hyppigt magten og trak sig tilbage til den buddhistiske klosterfred. Følgen blev hyppige barnekejsere med regenter tagne blandt de store adelsslægter, navnlig slægten Fujivara. 987—1027 førte således Michinaga Fujivara regentskabet for 3 kejsere, alle 3 gifte med døtre af ham. Den gamle slægtsstat havde sejret over det nye kejserdømme.
Lensstaten (ca. 1100—1600)
Kejserens og de kejserlige statholderes magt undergravedes efterhånden ved udviklingen af selvstændige godsbesiddelser, Sjojen, der som fri ejendom unddroges den kejserlige skatte- og forvaltningsret. Ca. 1100 hørte 9/10 af landet til Sjojen og splittedes derved i uafhængige territorier. Denne tilstand truede flere gange med helt at opløse staten og prægede japansk statsliv indtil lenenes ophævelse 1871. Bønderne under hvert Sjojen ydede kun dette skatter og hoveri. Fra 9. århundrede udvikledes af godsherrernes væbnede følge (kenin) en ny arvelig krigerstand, samurai'erne, knyttede til deres lensherrer ved ubrydelige slægts- og troskabsbånd. Inden for adelen selv opstod en forskel mellem den krigeriske landadel (buke) og den efterhånden degenererede og mere blødagtige hofadel (kuge). Blandt landadelslægterne blev to de mægtigste: Minamoto, herskende over Kwanto-sletten ved det nuværende Tokyo, og Taira på øen Kiushiu i sydvest, begge stiftet i 9. århundrede af kejserprinser som statholdere. Kampe med ainoerne i nord og med koreanerne i vest gav begge slægter dåd og krigerry. Fra ca. 1100 trådte Fujivara'erne i skygge for de to nye krigerætter, og i 12. århundrede kom det til en langvarig kamp om magten mellem Taira (det røde Flag), ført af Kijomori (1167 storkansler), og Minamoto (det hvide Flag). Den endte med et stort søslag ved Dan-no-ura i Shimonoseki-strædet 1185, hvor blandt andet mikadoen og mange af hans slægt faldt. Nu blev sejrherren, Joritomo af Minamoto-ætten arvelig Sei-i-tai-shogun (hærfører). Han blev øverste lensherre og fik den egentlige styrelse i sine hænder, om end mikadoen stadig regnedes for den rette hersker. Efter hans død 1199 udbrød nye kampe, hans egne sønner fortrængtes fra magten, og en sidelinje, slægten Hodjo, tog under titlen Shikken formynderskabet for shogun'erne, altså en styrelse på tredje hånd. 1260 indsattes således to brødre til at være den ene mikado, den anden shogun, og denne ordning med to herskere forblev i kraft indtil den store statsomvæltning 1868.
1281 gjorde den mongolske hersker i Kina, Kublai Khan, et forsøg på at undertvinge Japan; men hans flåde led et afgørende nederlag mod Hodjo Tokimune (Shikken 1267—1284), og alle de skibbrudne fjender blev uden nåde dræbte. Ligeledes dræbtes til advarsel de sendebude, mongolkejseren udsendte. Dog fik ved dette forsøg venetianeren Marco Polo, der levede ved hans hof, lejlighed til først at bringe Europa kundskab om Japan eller, som han kaldte det, Zipangu (efter det kinesiske navn Djipønn-kwo). 1334 blev Hodjo-ætten af Ashikaga Takauj i fordreven fra magten — under dens herredømme havde kunst og videnskab samt velstand blomstret i landet —, og under de kampe, som derefter fulgte, var Japan endog indtil 1392 delt i 2 riger, nord og syd, hvert med sin mikado. 1336—1573 var huset Ashikaga i besiddelse af shogunatet (15 shoguner i alt), med residens i Kyoto. Kunst og litteratur blomstrede her, især malerkunst og no-skuespillet. Men statsstyret kom i forfald. De gamle kejserlige civilstatholdere forsvandt og afløstes af shogunens militærstatholdere, de såkaldte daimio'er. Disse blev stadig mere uafhængige, retten sad i spydstagen, lensfyrsterne krigedes altid indbyrdes. 1573 blev den sidste Ashikaga afsat af den store feltherre Nobunaga, der tilrev sig magten 1573—1583. Efter Nobunagas drab tog Hidejoshi styret 1582—1598 og søgte at bringe ro og orden i landet. Han foretog fra 1592 en række resultatløse felttog til Korea og tænkte også på at føre krig mod Kina, da han døde 1598; han havde fået titlen Taiko-Sama, den store hærfører, hvorefter senere shogun'er også kaldtes taikun'er.
Tokugawa-shogunatet (1603—1868)
Hidejoshis dygtigste hjælper, den lavættede, men fremragende feltherre og statsmand Tokugawa Ijejasu (f. 1542, d. 1616) tilrev sig magten ved at skyde Hidejosjis egen søn til side og gjorde sig 1603 til arvelig shogun; i hans slægt, Tokugawa, forblev herredømmet lige indtil 1868. Han grundlagde staden Jedo (Tokyo) og flyttede regeringens sæde derhen, mens han lod mikadoen blive i den gamle hovedstad Kyoto. Østjapan havde sejret over Sydjapan. Mikadoen indskrænkedes til omgangen med det talrige hof, og med det præsteskab, der var knyttet til soldyrkelsen, men udelukket fra forbindelse med lensfyrsterne trængtes han tilbage i den almene forestilling, og hans overherredømme blev et tomt skin. Derimod sikredes shogunens magt, lensfyrsternes myndighed fastsattes nøje, en stor mængde mindre len (i alt 260) oprettedes, hvis indehavere knyttedes umiddelbart til shogunen, mens de tidligere lensmænd regnedes for at stå under mikadoen. Også fæstnede Ijejasu den hele stats- og samfundsordning ved en ny lovbog, de »100 love«, kaldet Gongen Samas love efter det navn, han fik efter sin død. Sin fulde udvikling fik den nye statsordning dog først under Ijejasus søn Hidetada og sønnesøn Ijemitsu (1623—1650).
Efter denne ordning var folket delt i 6 klasser: Lensfyrsterne, Krigeradelen,